O voo estava em fase de cruzeiro e seguiu normalmente durante a confusão. O piloto automático estava ativado e manteve a rota pré-estabelecida para o trajeto.

Segundo o relatório:

• Às 10h31, o piloto se ausentou da cabine de comando por “necessidades fisiológicas”;
• Antes disso, ele e o copiloto conversaram sobre as condições meteorológicas e a operação da aeronave. O copiloto parecia estar “atento” e respondeu normalmente;
• Quando o piloto voltou, às 10h39, inseriu a senha para reabrir a cabine. Ele não conseguiu entrar;
• Ele disse que pensou que havia digitado o código errado. Tentou outras quatro vezes, sem sucesso;
• Um tripulante tentou ligar para a cabine de comando, mas também não foi atendido. O piloto digitou o código de emergência;
• Então, o copiloto, mesmo debilitado, conseguiu abrir a porta manualmente de dentro da cabine, às 10h42. Segundo o relatório, ele foi encontrado “pálido” e “suando”;
• Os tripulantes e um passageiro, que era médico, prestaram os primeiros socorros. A suspeita era de que estava tendo um ataque cardíaco;
• Neste momento, o piloto decidiu desviar o avião para pousar em Madri. O pouso aconteceu cerca de 20 minutos depois.

O copiloto foi atendido em solo e recebeu o diagnóstico de um possível transtorno convulsivo, uma condição que, até então, não tinha sido identificada em seus exames médicos de rotina. Ele tinha certificação válida e sem restrições para voar. Como medida preventiva, o certificado médico do copiloto foi suspenso.